陈宝贵教授依据《黄帝内经》“五神藏”理论，创立“脑病从神论治”的思想体系，指导老年脑病的预防和治疗。把中医药用于脑外伤围手术期，显著降低死亡率、致残率。发表《回神丹颗粒剂对大鼠难组织海马区氨基酸含量的影响观察》《回神丹颗粒剂治疗老年期血管性痴呆的临床研究》《回神颗粒对实验性大鼠局灶性脑缺血缺血区神经细胞凋亡的影响》等多篇学术论文。

　　提出“重建脾胃生理功能”的学术思想，创“治胃九法”治疗消化系统疾病疗效显著；总结独特的“中医临证思辨方法”，有效指导学生临床学习及工作，系统概括中医诊病思路。

　　提倡“中西医融合”思想，强调辨证精准、组方配伍精准、用药配比精准的“三精准”原则；注重临证中的证效关系、量效关系、时效关系的“三关系”原则及诊疗中体现人与自然、人身脏腑经络器官、人身整体与局部疾病辨证的“三统一”原则；创体质药膳食谱，养生防病；传承张锡纯学术思想，打造中西汇通的传承体系。